以下のようなコードにおいて、重複したシンボルが生成されるという問題があります。

struct Foo {
  struct JSON {}
  …
}

FooのTS側JSON型としてFoo_JSONが。
Foo.JSONのTS側Entity型としてFoo_JSONが生成され、衝突します。

この問題の原因は、ネームスペース結合の記号とJSON型のSuffix結合の記号が同一の_であることだと思います。
片方の結合に用いる記号を変更することで回避ができます。

もちろん、Swift側の型名で_や$が使われていた場合に似たような壊れが起こると思いますが、それは特殊なケースなので諦めます。